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公司制学校章程的制定要注意以下问题：
（一）、要依据学校客观情况和法律法规规章规定
公司制学校章程中有关学校领导体制的内容，应反应出董事会负责制，校长管理制的模式，具体每一个学校可有所侧重。章程必须符合法律，法规及规章的规定，不得与法律，法规规章相抵触，如法律规定学校应遵照国家有关规定收取费用并公开收费项目，学校章程就不能规定本校收费标准不得公开。
（二）、教育行政部门和学校都应牢固树立依章程办学观念
学校依章程自主办学，是教育发展的必然趋势，也是现代教育发展的使命感，不能仅当作一项工作。
（三）、制定章程要注意体现出资人的意志，保证他们应有的权利，如建议权，管理参与权。
公司制学校设立以后，就形成了相对独立的组织，可以独立运用学校财产进行自主经营，国家通过建立政府、社会、个人教育成本分离机制，形成“政府办学为主体，社会各界共同参与办学，”利用市场调节来优化教育资源配置，增加教育投入。社会及市场对人才培养的要求必然使学校强调竞争出活力，出效益、出质量、出名牌的意识，必然在学校与学校之间学校与其他社会组织之间讲究公平竞争理念，在学校内部的人事制度上也会有所反映。公司制学校运作中，由于市场作用，必然讲求产品质量，讲效益，讲有偿服务，讲设备折旧，讲成本核算，用教育的产出来补偿教育的投入，自收自支，确保学校资金的良性循环和教育事业的可持续发展 。七，把公司机制引入学校的影响
1，不良后果评估。公司制学校是教育改革中新生事物，由于没有相应的实践经验，不可避免地会出现些不良后果，如：教育目的偏市场化，地区之间的发展的不平衡性导致教师流动性大，不规则的办学行为，及人们心理上会引起不良反映，这些不良后果的出现就是学校追求自身利益与教育公益性矛盾所致。
2，对我国教育法的影响，我国现有教育法的不适应性。公司制学校所引起的积极变化及消极后果都给我国的教育法带来了挑战。重新审视我国教育法会发现有关学校规定存在着严重不足的情况：
（1）.对学校的属性地位规定模糊。 《中华人民共和国教育法》第31条规定：学校及其他教育机构具备法人条件的，自批准设立或登记注册之日起取得法人资格。这一条的立法含义显示学校仍然有国家行政机关附属机构的影子，又显示出学校重塑其法人地位的苗头，学校地位仍处在不稳定的模糊界位上，不过1998年通过的《中华人民共和国高等教育法》第30条却明确了高等学校的法人地位，“高等学校自批准设立之日起取得法人资格，高等学校的校长为高等学校的法定代表人。” 在我国，传统意义上学校的性质一般被定位于事业单位，这种定位依据的是《民法通则》，该法将法人分为企业法人机关，事业法人和社团法人。其中区分企业法人与机关，事业法人的一个标准就是是否营利，凡以营利为目的设立的均为企业法人，而不以营利为目的设立的组织为机关，事业单位，社团法人。然而，作为事业单位，学校的法律地位又比较特殊，一方面，学校像其他民事主体一样，有普通的民事权利，承担一般的民事责任，另一方面学校与学生教职工的关系又存在着民事关系以外的其他关系，如：纪律处分，制定校规，颁发学历学位证书等。这使得学校享有近似行政主体的法律地位 。到底学校的地位应如何确定才能够更好动态地体现公共利益，法律没有给予答复。
（2），把学校界定于法人并用“不得以营利为目的”过于抽象，不利于学校发展。既然要重塑并加强学校的法人地位，就应相应地赋予学校作为法人发展壮大并承担法人责任的能力，故而法律应明确学校追求自身利益的合法性。
（3），学校内部组织结构布局不合理。《教育法》规定，校长负责学校的教学及其他行政管理，以教师为主体的教职工代表大会，负责保障教职工参与民主管理和监督。由于教师受校长领导，教职工代表大会监督实质上是软弱的，这种结构中缺乏直接有效监督管理组织，权力分工不甚合理。
